Blender ı çok bilmiyorum ama bildiğim şeyleri söyleyeyim belki yardımı olur.
1. Rig yaparken root bone her zaman 0 0 0  noktasında olmak zorunda ve root bone her zaman olmak zorunda. Rig in sorunlu. UE animasyon dökümantasyonunu bir incelemeni tavsiye ederim.
2. UE de T0 as ref pose diye bir FBX ayarı var bu tarz durumlarda işine yarayabilir.
3. Muhtemelen karakterin orada ama 90 derece dönüyor animasyon sırasında. Yerin altına baktın mı. Büyük ihtimalle başağı yer altında şu an. Bunu play yaptıktan sonra f8 e basarak "eject" yaparak sonra yer altına gidip bakarak anlayabilirsin. Tekrar f8 eski moda geri dönecektir. Eğer tam yer altında değilse çok uzak bir yerdedir ama kaybolmamıştır. Root bone olmadığından UE lokasyonunu ve oryantasyonunu çözemiyor yani